Początek historii opactwa w Tyńcu to XI wiek. To właśnie wtedy został wybudowany tam klasztor benedyktynów położony na wzgórzu nad Wisłą. Powstanie tego klasztoru było umotywowane kryzysem młodego państwa Polskiego, które musiało zmierzyć się z buntem pogan oraz czeskimi najazdami.
Początkowo opactwo składało się z romańskich budowli, by zostać przebudowane w stylu gotyckim w XV wieku. Następnie było przebudowywane na sposób barokowy, a potem rokoko. Opactwo zostało zniszczone, a następnie odbudowane i rozbudowane w XVII wieku. Jednak zostało ponownie zniszczone podczas okresu konfederacji barskiej, aby być ponownie odbudowanym przez opata Floriana Janowskiego. Na początku XIX wieku opactwo zostało zlikwidowane, a w kościele znajdującym się na terenie opactwa mieściła się siedziba biskupstwa tynieckiego.
W lipcu 1939 roku benedyktyni powrócili do Tyńca, a od 1947 roku rozpoczęto odbudowę opactwa. W końcu w 1968 roku zostało ono reaktywowane. Obecnie na terenie klasztoru mieści się Muzeum Opactwa.